最新研究表明，人体口腔中至少有700多种微生物（细菌等），这些微生物与人体组成了口腔微生态系。口腔链球菌是颊、硬腭黏膜最主要的正常菌群，约占培养菌总数的60%，其中以唾液链球菌最常见。在唾液中，口腔链球菌也是优势菌，亦约占培养菌总数的60%。革兰氏阳性丝状菌、棒状杆菌及放线菌也常存在唾液中。

口腔微生态系的平衡或失调与口腔的健康密切相关，口腔感染性疾病往往是口腔微生态失调的结果。健康的口腔中，每颗牙齿上大约有1000-10亿个细菌，通常每毫升唾液中可含有1亿个细菌。口腔微生态菌群的平衡能防止口腔疾病的发生和维护持续的口腔健康。健康的口腔应该有良好的菌群平衡。

在过去的几十年里，人们对口腔和牙齿的保健意识有了一定程度的提高，但龋齿仍然是一个严重的问题。变异链球菌（S.mutans）是导致龋齿的主要病菌，表兄链球菌（S.cobrinus）则是它的帮凶。龋齿的形成，是龋齿致病菌将食物中的碳水化合物发酵产生的酸以及形成的多分枝胞外多糖（葡聚糖）造成的，即葡聚糖是致病菌的黏附剂，酸腐蚀牙面，使羟基磷灰石晶体崩解，形成龋洞。有研究显示，全球至少有5%-20%的儿童患有牙齿炎症，这一病症有随年龄的增加而加剧的倾向。大部分成人都有患龋齿炎或牙周炎的经历。龋齿炎常可进一步发展为牙周炎，最终导致牙齿的损坏和丧失。目前大约40%的成人患有一定程度的牙周炎，而约10%的成人有较为严重的牙周炎。

个人口腔护理主要包括刷牙、使用牙线清洁牙齿（使用牙签剔牙是较不科学的洁牙方法）和使用一些抗菌漱口液或含叶酸的漱口液等。这些都有助于保护牙齿和口腔健康，预防龋齿炎和牙周炎。较专业的方法是求助于牙科医生，他们懂得如何清洁口腔，治疗牙周炎，以及用手术来治疗其他口腔或牙齿疾病。细菌常常会牢固地黏附在牙齿内的小孔和牙面上，大部分药物治疗法都是设法去除口腔中的细菌。据历史记载，在有食用酸奶习惯的东欧各国里，伴随着砂糖消耗量的增加，龋齿的发生并未随之增加。这也从某种意义上证明了含益生菌的奶制品有预防龋齿的效果。

目前又出现了另一种使用益生菌预防牙齿疾病的新方法。在最近进行的随机、双盲和安慰剂对照的若干临床研究中，证实使用某种特定的益生菌菌株，例如罗伊氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）的某个菌株，可对口腔健康产生很好的效果。

在欧洲（瑞典）进行的某项研究中，60个患有龋齿的病人被分为三组，每组20人，分别服用安慰剂和两种不同的益生菌菌株。结果显示服用益生菌的受试者中有85%的人牙齿健康状况有所改善。大概经过两周的益生菌治疗后就会有明显的效果，若对龋齿炎进行长期的益生菌治疗，效果会更加显著。

在日本广岛牙科学院进行的另一项研究中，40名志愿者每天坚持饮用含临床证实的益生菌（罗伊氏乳杆菌）的酸奶，持续时间为两周。结果显示80%的志愿者的口腔中变异链球菌的数量明显下降。

通过实验室对20种市售发酵酸奶进行测试发现，仅有含益生菌（罗伊氏乳杆菌）的酸奶产品可明显抑制变异链球菌的增长。

1995年，默尔曼（Meurman）等所做的一项研究发现，益生菌（鼠李糖乳杆菌LGG）可在口腔黏膜定植两周，并能降低变异链球菌的数量及抑制它们在牙齿表面的吸附。另外，2001年，在赫尔辛基日托中心进行的一项研究表明，每日饮用含强化益生菌——鼠李糖乳杆菌LGG(Lactobacillusrhamnosus，LGG）牛奶的儿童患龋齿的概率比饮用不含益生菌牛奶的儿童低。经过7个月的持续饮用和观察，这些儿童比7个月前患龋齿的比例降低了6%；反之，服用普通牛奶（不含益生菌）的儿童在第7个月患龋齿的比例却增加了4%[11。2002年又有研究指出，含有该益生菌的干酪对牙齿健康同样有益。

2007年的一项研究表明，老年人口腔中有酵母菌过度繁殖的问题，摄入益生菌后，可使益生菌短暂定植在口腔内，从而竞争性地排斥口腔中酵母菌的定植和生长（2。孕妇因怀孕而导致的激素水平变化可导致较高的患牙龈炎（gingivitis），即妊娠期牙龈炎的风险。2016年，施拉根霍夫（Schlagenhauf）等人进行了一项双盲、随机、安慰剂对照、45名患有牙龈炎的孕妇参与的临床研究。参与者在晚期妊娠（最后三个月，third trimester）时加入此试验研究，都保持原有的刷牙习惯。她们被随机提供含益生菌的Prodentis含片（Prodentis品牌益生菌由罗伊氏乳杆菌ATCC PTA5289和罗伊氏乳杆菌DSM17938所组成），每天两片，每片含2亿个活性罗伊氏乳杆菌。24名孕妇为受试组，服用益生菌含片；21名孕妇为对照组，服用不含益生菌的含片。试验效果在受试者（孕妇）生产后（大概参加此试验研究后的7周）的两天内进行评估。结果显示，与基准线（baseline）相比，受试组患牙龈炎的症状明显降低。而对照组与基准线相比没有明显变化。

研究结果显示孕妇传统维护口腔健康的方法是刷牙、使用牙线和看牙医或洗牙等，使用含益生菌（罗伊氏乳杆菌）的Prodentis含片可作为一种对控制妊娠期牙龈炎有用的辅助手段13）。